1. Quá trình thành lập và tên gọi của đơn vị

1.1. Đơn vị được thành lập theo Quyết định số 345/QĐ-UB ngày 07 tháng 9 năm 1991 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh về việc bổ sung nhiệm vụ và đổi tên Trạm Đăng kiểm thủy sản thành Chi cục Bảo vệ nguồn lợi thủy sản thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thành phố.

- Quy chế Tổ chức và hoạt động của Chi cục Bảo vệ nguồn lợi thủy sản, được ban hành kèm theo Quyết định số 200/NN/QĐ ngày 16 tháng 11 năm 1991 của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thành phố.

1.2. Đơn vị được đổi tên theo Quyết định số 1090/QĐ-UB ngày 16 tháng 3 năm 2004 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh về việc đổi tên Chi cục Bảo vệ nguồn lợi thủy sản thành Chi cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

- Quy chế Tổ chức và hoạt động của Chi cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản được ban hành kèm theo Quyết định số 271/QĐ-SNN-TCCB ngày 21tháng 7 năm 2010 của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thành phố.

1.3. Đơn vị được đổi tên theo Quyết định số 6294/QĐ-UBND ngày 02 tháng 12 năm 2016 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh về việc Tổ chức lại Chi cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản thành Chi cục Thủy sản trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

2. Chức năng

2.1. Chi cục Thủy sản có chức năng giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tham mưu cho Ủy ban nhân dân Thành phố thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về nuôi trồng, thức ăn thủy sản, chất lượng giống thủy sản, khai thác, bảo tồn đa dạng sinh học, bảo vệ, phát triển nguồn lợi thủy sản trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh.

2.2 Chi cục Thủy sản chịu sự chỉ đạo, quản lý của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo quy định của pháp luật đồng thời chịu sự hướng dẫn kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Tổng cục Thủy sản trực thuộc Bộ Nong nghiệp và Phát triển nông thôn.

2.3. Chi cục Thủy sản có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được cấp kinh phí hoạt động từ ngân sách nhà nước, được mở tài khoản tại ngân hàng, kho bạc nhà nước để hoạt động theo quy định của pháp luật.

2.4. Chi cục Thủy sản có trụ sở làm việc tại: 126 GH  Phan Đăng Lưu, phường 3, quận Phú Nhuận, Thành phố Hồ Chí Minh.

3. Về tổ chức bộ máy và biên chế hiện nay

- Ban lãnh đạo Chi cục gồm: Chi cục trưởng và hai Phó Chi cục trưởng.

- Bộ máy gồm: 04 phòng, 02 trạm được bố trí như sau: