Theo đó, Thông tư này quy định việc giám sát an toàn thực phẩm (ATTP) đối với sản phẩm nông lâm thủy sản lưu thông, tiêu thụ trong nước thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và PTNT; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức và cá nhân liên quan đến hoạt động giám sát nhằm cảnh báo, phòng ngừa và ngăn chặn sự cố ATTP trước khi phân phối đến người tiêu dùng. Căn cứ để thực hiện giám sát ATTP nông lâm thủy sản là các quy định, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia do Bộ NN và PTNT, Bộ Y tế ban hành và các quy định khác của nhà nước có liên quan về các chỉ tiêu ATTP đối với thực phẩm nông lâm thủy sản.

Thông tư cũng quy định về tiêu chí xác định sản phẩm và chỉ tiêu ATTP cần giám sát như sau: Sản phẩm, chỉ tiêu bị phát hiện vi phạm quy định về ATTP theo phản ánh của người tiêu dùng, cảnh báo của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về ATTP; cảnh báo của cơ quan thẩm quyền nước nhập khẩu; Sản phẩm, chỉ tiêu bị phát hiện không bảo đảm ATTP từ kết quả thanh tra, kiểm tra, giám sát ATTP của năm trước; Sản phẩm, chỉ tiêu gây ra các vụ ngộ độc thực phẩm tập thể; và theo yêu cầu của Bộ NN và PTNT, Sở NN và PTNT.

Đối với mẫu giám sát không bảo đảm ATTP, cơ quan giám sát thực cần thông báo bằng văn bản tới cơ sở có mẫu không bảo đảm ATTP, yêu cầu truy xuất nguồn gốc, thu hồi sản phẩm không bảo đảm ATTP. Điều tra nguyên nhân, thực hiện hành động khắc phục và báo cáo kết quả về cơ quan giám sát. Bên cạnh đó, thông báo bằng văn bản kết quả giám sát tới các cơ quan chức năng địa phương được phân công quản lý ATTP tại công đoạn sản xuất kinh doanh có mẫu giám sát phát hiện không bảo đảm ATTP để có biện pháp kiểm soát phù hợp. Trường hợp quá thời hạn yêu cầu không nhận được báo cáo kết quả Điều tra nguyên nhân và thực hiện hành động khắc phục của cơ sở, cơ quan giám sát thông báo và đề nghị bằng văn bản tới cơ quan được giao chức năng thanh tra chuyên ngành để tổ chức thanh tra đột xuất và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật thanh tra.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 15/7/2016 và thay thế Thông tư số 05/2010/TT-BNNPTNT ngày 22/01/2010 của Bộ NN và PTNT về hướng dẫn việc kiểm tra, giám sát vệ sinh an toàn thực phẩm nông sản trước khi đưa ra thị trường; thay thế Thông tư số 61/2012/TT-BNNPTNT ngày 13/11/2012 của Bộ NN và PTNT về quy định việc giám sát an toàn thực phẩm thủy sản sau thu hoạch.